在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。

故事发生在一座废弃的购物中心内，一场失控的捉鬼行动揭开了一个原本不该被曝光的政府秘密。

五个故事讲述了人类在地球之外的经历，探险家和幸存者们面对着外星世界、艰难的选择以及寻找新的家园的奋斗。

结果，这座城市遭到了毁灭性的破坏。一个伟大的战斗和英雄堕落的过去提醒。英雄们受到了指责，被剥夺了头衔，遭到了追捕。

四个扣人心弦的故事：科技让原本的陌生人变成了怪物，而门外的黑暗根本算不上你的最大难题。

当黛布和汉塞尔分手后，汉塞尔找到了一种可以“克隆”前任的实验性服务。